Sekolah Vokasi dalam menyelenggarakan kegiatan pengembangan dan penerapan keilmuan/cabang ilmu dan pelaksanaan Tridharma dilakukan oleh departemen. Jumlah departemen di Sekolah Vokasi saat ini adalah 8 depertemen, yang dibagi menjadi 2 kelompok besar, kelompok SAINTEK/IPA dan kelompok SOSHUM/IPS. Departemen pada kelompok SAINTEK sebanyak 6 departemen (Departemen Layanan dan Informasi Kesehatan, Departemen Teknologi Kebumian, Departemen Teknologi Hayati dan Veteriner, Departemen Teknik Mesin, Departemen Teknik Sipil, Departemen Teknik Elektro dan Informatika) dan kelompok SOSHUM sebanyak 2 departemen (Departemen Ekonomika dan Bisnis dan Departemen Bahasa Seni dan Manajemen Budaya).